En la época romana, la Vía Aquitania que unía Las Galias con Hispania hasta Galicia cruzaba por el Desfiladero de Pancorbo. Ya en la Edad Media, esta villa se convirtió en pieza clave de la historia de Castilla, desde su incorporación al primitivo condado a finales del siglo IX. Hasta cinco poblamientos sumó Pancorbo a su villazgo: Cuevagallegos, Fuentemiel, Hoyuelo, San Juan y Villanueva de los Judíos. Fue cabeza de la Merindad de Bureba.