El primer testimonio aparece en el año 947, en un documento que recoge la donación de una viña y una tierra de Aguilar por parte de Nuño y Condesa. En 1218, Aguilar de Bureba pertenece al Monasterio de San Salvador de Oña. Entre 1401 y 1406, Don Juan Fernández de Velasco incluye entre su gran patrimonio las posesiones adquiridas en Aguilar. El origen del topónimo se relaciona con la habitual presencia de águilas que hubo en este lugar.